櫻花苗木病蟲害種類較多，現將其常見的病蟲害及防治方法分述如下：
一、穿孔性褐斑病
在5至6月時發生，葉出現紫褐色小點，后漸擴大成圓形，病斑部位干燥收縮后成為小孔、病菌多在病枝病葉上過冬，發育最適溫度為2 5℃至28℃，借風傳播，在多雨季節有利于侵染發病，樹勢衰弱，排水不良，通風透光差時，病害發生嚴重。
防治方法：
（1）加強栽培管理，合理整枝修剪，并注意剪掉病梢，及時清理病葉并燒毀，為植株創造干凈的生長條件。
（2）新梢萌發前，可噴灑3至5波美度石硫合劑，發病期可噴灑16 0倍波爾多液或50％苯來特可濕性粉劑1000至2000倍液，或15％代森鋅600倍液至800倍液。
二、葉枯病
夏季葉上發生黃綠色的圓形斑點，后變褐色，散生黑色小粒點，病葉枯死但并不脫落。
防治方法：
（1）摘除并焚燒病葉，發芽前噴波爾多液。
（2）5至6月再噴65％代森鋅可濕性粉劑500倍液，每隔7至10天噴一次，連噴2至3次即可。
三、根癌病
主要發生于主干基部，有時也發生于根頸或側根上，病部產生腫瘤，初期乳白色或肉色，逐漸變成褐色或深褐色，圓球形，表面粗糙，凹凸不平，有龜裂，感病后根系發育不良，細根極少，地上部生長緩慢，樹勢衰弱，嚴重時葉片黃化、早落，甚至全株枯死。
防治方法：
（1）染根癌病的苗木必須集中銷毀，苗木栽種前最好用1％硫酸銅浸5至10分鐘，再用水洗凈，然后栽植。
（2）發現病株可用刀鋸徹底切除癌瘤及其周圍組織。
（3）對病株周圍的土壤也可按每平方米50克至100克的用量，撒入硫磺粉消毒。同時注意進行土壤改良。