紅豆杉根腐病是紅豆杉常見病害，由真菌侵入引起的。根部受病菌浸染而變黑、發霉，葉部發褐，嚴重時全株枯死。雨季時幼樹易產生根腐病害
防治方法:
     1, 控制幼苗密度，苗期增施鉀、磷肥和草木灰，促進苗木生長，以增強幼苗的抗病力。家庭養殖紅豆杉盆景主要防止澆水過勤造成根腐病
     2, 控制苗圃環境，做到圃內無雜草；保護地栽培要加強通風排濕，降低空氣濕度和土壤中的水分，露地栽培要筑高垅，開好排水溝，及時清除栽培地中的積水。
      3, 苗木幼嫩期間將石灰粉與草木灰以1:4 的比例混合均勻,每畝苗床撒施l00～150kg；或在出苗期每隔7 天，用0.5%的波爾多液噴灑幼苗。
       4, 發現病苗及病株及時清除。或用百菌潔、多菌靈、托布津、井崗霉素800 倍～1000 倍液噴
治，每隔2～3 天噴一次，連續噴2～3 次。采收前的15 天停止用藥。