根系是紅肉蜜柚的重要組成部分，它的主要功能是從土壤中吸收水分和營養，同時貯藏某些有機營養質。根系深入土中有固定樹體的作用，起繁殖和更新作用。根系由主根、側根和須根組成。須根一般無根毛，與土壤中的真菌共生形成根菌。真菌代替根毛吸收土壤中水分和養分，真菌從根上得到有機物質養分，在氧氣充足的土壤中活動力強，從而形成紅肉蜜柚根好的生長特征。因此，培育深、廣、密的強大根系，是紅肉蜜柚樹體栽培的重要任務之一。

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